Heute steht die Lindische Tempelchronik im Kopenhagener Museum.
Die ältesten Einwohner der Insel, die Techlinen, die in der Lindischen Tempelchronik erwähnt werden, sollen nach Berichten des antiken Historikers Eusebius 1737 v. Chr. zur Insel Rhodos gekommen sein. Zu jener Zeit, und vielleicht auch noch früher, dürften die Ureinwohner von Lindos ihre Göttin Lindia, deren Wortstamm Linthos und Linthia vorgriechischen Ursprungs ist, in jener Höhle verehrt haben, die direkt unter dem Tempel der Athena Lindia liegt.
Mit der Zeit verehrte man die Göttin oberhalb der Höhle, zu dessen Zweck man ihr hoch oben auf dem Felsen einen Tempel errichtete. Durch die festgelegte Lage über der einstigen Kultgrotte, direkt am östlichen Felsrand, war der Tempel während seiner ganzen Geschichte in seinen Ausmaßen begrenzt. Auch erlaubte der westlich angelegte heilige Hain keine größere Dimensionierung des Tempels.
Der alexandrinische Dichter Kallimachos (310-240 v.Chr.) berichtet, dass sich das Kultbild der Göttin Athena Lindia zu früherer Zeit in einem kleinen schreinartigen Gebäude befunden haben soll. Eine Quelle des Diogenes Laertios aus dem 3. Jh.n.Chr. erzählt, dass Kleobulos, einer der berühmten sieben Weisen der Antike, in der zweiten Hälfte des 6. Jahrhunderts der Athena Lindia einen neuen Tempel gebaut haben soll.
Ob zeitlich vor dem Tempel des Kleobulos bzw. nach dem schreinartigen Gebäude noch ein weiterer Bau existiert hat, ist ungewiss, jedoch anzunehmen, da Lindos schon vor der Zeit des Kleobulos großes Ansehen in der antiken Welt genoss. Mit ihrer berühmten Flotte besegelten die Lindier das Mittelmeer von Spanien bis Ägypten. 690 v.Chr. gründeten sie auf Sizilien die Stadt Gela. Von dem Tempel des Kleobulos ist jedoch außer der langen Treppenanlage, der bei dem Brand von 392 v.Chr. vernichtet wurde, nichts mehr erhalten. Der kurz danach neu entstandene Tempel, wieder an derselben Stelle, direkt über der Höhle, entspricht nicht seiner Zeit. Der Grundriss gleicht mit seinen langgestreckten Proportionen einem archaischen Tempel. Bei der Errichtung des Tempels hielt man sich lediglich an den Geschmack jener Zeit und entschied sich für die dorische Ordnung.
Doch nun war die Zeit gekommen, da man dem Heiligtum einen repräsentativen Charakter geben wollte, der aus den vorhandenen Fragmenten heute noch ablesbar ist. Die Akropolis wurde durch eine monumentale Treppenanlage nebst Portal und den Propyläen akzentuiert, so dass der Tempel der Athena Lindia noch stärker zur Geltung kam. Die Propyläen-Anlage von Lindos ist nur mit der von der Athener Akropolis zu vergleichen. Wahrscheinlich geht die Planung der lindischen Anlage sogar auf das Beispiel der Akropolis von Athen zurück.
Um etwa 200 v.Chr. erhielt die Akropolis nochmals eine Erweiterung. Auf dem im Norden breiter werdenden Felsplateau errichtete man auf einem 5,5m tieferliegenden Niveau zu den Propyläen einen 87 m breiten dorischen Portikus, der im Westen und Osten um vier Joche nach Norden hin vorspringt. Dieser gewaltige Hallenbau vor den Propyläen des Heiligtums der Athena Lindia geht wahrscheinlich auf den gigantischen Pergamon-Altar an der kleinasiatischen Küste zurück, der zwischen 180 und 160 v.Chr. entstand.
Welch große Bedeutung dieses Heiligtum in der Antiken Welt hatte, geht am besten aus den vielen Weihegeschenken hervor, die hier niedergelegt wurden. Die lindische Tempelchronik berichtet von Schenkungen des sagenhaften Königs Kadmos aus Phönikien, des Herakles und des minoischen Königs Minos aus Knossos von Kreta. Weiter sollen hier der ägyptische Pharao Amasis III. (26.Dyn. 570-526 v.Chr.) und Alexander der Große Weihegeschenke geopfert haben.
Der Glanz und Ruhm des lindischen Heiligtums versiegt mit der Römerzeit. Von nun an verlief für Lindos die gleiche Geschichte wie für die gesamte Insel. 51 n.Chr. ging Apostel Paulus auf seiner 3. Missionsreise in dem einzigen natürlichen Hafenbecken der Insel bei Lindos an Land und gründete die ersten christlichen Gemeinden auf Rhodos. Aus der Römerzeit stammt auch der kleine Kaisertempel in Form eines Antentempels im Nordosten der Akropolis.
Nach und nach verlor Lindos nun immer mehr an Bedeutung. Erst mit den Johannitern (1309-1522 n.Chr.) ergab sich für Lindos, wie für die ganze Insel, ein neuer Aufschwung.
Die Ritter von Rhodos erkannten sehr schnell die günstige Lage des lindischen Hafenbeckens und bauten die Akropolis von Lindos zu einer mächtigen Festung aus, um den Türken wie den Piraten die Möglichkeit zu nehmen, an dieser flachen Küste der Insel an Land zu gehen. Unter dem Großmeister Pierre d'Aubusson (1476-1505) errichtete man zur weiteren Sicherung einen gewaltigen, an verschiedenen Stellen zweifachen Mauerring.
Mit dem Einfall der Türken (1523) verlor die Akropolis von Lindos endgültig ihre Bedeutung. Die Bevölkerung blieb jedoch nach wie vor in Lindos ansässig und pflegt weiterhin griechisches Brauchtum und griechische Lebensweise.
